Program Studi Magister Bioteknologi merupakan salah satu Program Studi di bawah Sekolah Pascasarjana. Pendirian Program Studi ini diawali dari pendirian Pusat Antar Universitas (PAU) Bioteknologi Universitas Gadjah Mada yang merupakan proyek pengembangan bidang Bioteknologi Indonesia dibawah Dirjen Pendidikan Tinggi.
Pusat Antar Universitas Bioteknologi UGM didirikan pada tahun 1985 berdasarkan Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan RI nomor: 909/D/T/1986 tanggal 15 Mei 1986 dengan meggunakan dana bantuan Bank Dunia XVII dari tahun 1986 sampai dengan tahun 1995, dan merupakan salah satu dari tiga PAU Bioteknologi di Indonesia. Untuk pendanaan berikutnya diperoleh dari Hibah URGE IBRD Loan No: 3754-IND dari tahun anggaran 1994/1995 hingga 1998/1999.
Berdasarkan pengalaman kegiatan penelitian dan berbagai kegiatan pendidikan dan pelatihan juga karena minat yang besar dari universitas lain dalam mengembangkan bioteknologi di Indonesia, pada tahun 1994 PAU Bioteknologi Universitas Gadjah Mada mengusulkan penyelenggaraan pendidikan Program Studi Bioteknologi pada jenjang sarjana strata dua (S-2). Sejak tahun 1994 berdasarkan surat keputusan Direktorat Jenderal Pendidikan Tinggi nomor: 27/DIKTI/Kep/1994 tanggal 28 Januari 1994, Program Studi Magister Bioteknologi mulai diselenggarakan.
Berdasarkan keputusan Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi Departemen Pendidikan Nasional RI nomor: 025/BAN-PT/Ak-I/S2/IX/2000 tentang Hasil dan Peringkat Akreditasi Program Studi untuk Program Magister di Perguruan Tinggi tertanggal 13 September 2000, berdasarkan keputusan BAN-PT No. 005/BAN-PT/Ak-IX/S2/VII/2011 Program Studi Bioteknologi UGM telah mendapatkan akreditasi dengan peringkat Unggul (A) hingga tahun 2016.
Dalam perkembangannya, Program Studi Magister Bioteknologi UGM dibawah pengelolaan Pusat Studi Bioteknologi sejak ditetapkannya SK Rektor UGM nomor: 25/P/SK/HKTL/2001 tanggal 03 Juli 2001 tentang Perubahan/Penetapan Pusat-Pusat di Lingkungan Universitas Gadjah Mada menjadi Pusat Studi, termasuk PAU-Bioteknologi UGM menjadi Pusat Studi Bioteknologi.
Perkembangan terkini, Program Studi Magister Bioteknologi digolongkan ke dalam program studi multidisiplin sehingga pengelolaannya dibawah Sekolah Pascasarjan berdasarkan SK Rektor 89/P/SK/HT/2006 Program Studi Bioteknologi melibatkan lebih dari 70 dosen yang memiliki ilmu yang sangat bervariasi dari berbagai Fakultas di lingkungan UGM. Sarana dan prasarana untuk pelaksanaan program studi difasilitasi oleh Pusat Studi Bioteknologi UGM.
Program Studi Magister Bioteknologi Universitas Gadjah Mada berlokasi di Gedung Pusat Antar Universitas Pascasarjana UGM Sayap Barat Selatan dengan alamat Jl. Teknika Utara, Barek, Yogyakarta, telepon (0274) 902284 dan (0274) 564305, Fax. (0274) 520842, email : biotech@ugm.ac.id dan alamat website www.biotech.ugm.ac.id.
