Program Studi Magister Bioteknologi UGM merupakan salah satu program pendidikan pascasarjana dari kelompok antar bidang. Program Studi Magister Bioteknologi mulai melaksanakan kegiatan akademik sejak tahun 1994 berdasarkan SK Direktur Jenderal Pendidikan Tinggi nomor: 27/DIKTI/Kep/1994 tanggal 28 Januari 1994. Program S2 ini telah diakreditasi oleh Badan Akreditasi Nasional (BAN) dengan nilai A untuk periode 2021-2026.

Bioteknologi yang dimaksud dalam Program Studi Magister Bioteknologi adalah integrasi kaidah ilmiah dan perekayasaan (scientific and engineering principles), dengan penekanan pada penerapan teknik biologi molekular untuk menghasilkan barang dan jasa dengan menggunakan agensia biologis atau komponennya.

PS Bioteknologi menerapkan Kurikulum 2013 dan telah di revisi tahun 2018 yang dapat mengembangkan bidang-bidang bioteknologi tersebut melalui 4 minat (konsentrasi) yakni: Bioteknologi Kesehatan, Bioteknologi Agro, Bioteknologi Industri, dan Bioteknologi Lingkungan, selain itu juga menambahkan beberapa mata kuliah pilihan baru sesuai dengan perkembangan ilmu dan teknologi.

Program Studi Magister Bioteknologi sejak tahun 1996 telah menghasilkan lulusan lebih dari 437 alumni yang telah bekerja di instansi baik swasta maupun pemerintah, serta sebagian telah melanjutkan ke program doktoral baik di perguruan tinggi dalam negeri maupun luar negeri.